Hola Maria Lorena, considero que sí puede influir en la absorción del fármaco el líquido con el que sea ingerido, principalmente si afecta tres cosas fundamentales: el pH, la solubilidad del fármaco y la temperatura. 

En tu ejemplo el jugo de limón tiene un pH bajo por lo que puede disminuir el pH en la luz del tubo digestivo, lo que causaría que los medicamentos que son bases sean más difíciles de absorberse (al disminuir el pH las bases tienden a ionizarse y disminuye la difusión pasiva del fármaco). Si el fármaco es administrado con alguna sustancia liposoluble, es posible que también disminuya la velocidad de absorción del fármaco (no estoy 100% seguro de esto). Por último, el pH y la temperatura de las sustancias ingeridas modifican la velocidad del vaciamiento gástrico, lo que también influye en la absorción; si la sustancia con la que se tomo el medicamento disminuye la velocidad de vaciamiento gástrico, la velocidad de absorción del fármaco también disminuirá. 

En últimas, modificar la absorción del fármaco modificara su biodisponibilidad y por ende la cantidad de principio activo que hay disponible para interactuar con su blanco farmacológico. Además, si el fármaco tiene una cinética de primer orden, cualquier cambio en la concentración plasmática del mismo modificara su metabolismo y excreción.

Referencias:

Buxton, I. (2019). Pharmacokinetics: The Dynamics of Drug Absorption, Distribution, Metabolism, and Elimination. En L. Brunton, R. Hilal, B. Knollmann (ed.), Goodman & Gilman's: The Pharmacological Basis of Therapeutics. Mc Graw Hill Education